科研思路｜FEMS Ecology：奶牛养殖场中携带tetY基因质粒的特性分析

论文信息

论文题目：Characterization of tet(Y)-carrying lowGC plasmids exogenously captured from cow manure at a conventional dairy farm

期刊：FEMS Microbiology Ecology

IF：4.098

发表时间：2016

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本论文通过实验方法筛选到奶牛养殖场中一种典型的可移动质粒，之后通过对质粒结构、携带基因、质粒丰度等方面的分析，研究了该质粒在抗生素抗性基因水平基因转移中的作用。

研究背景

在土壤细菌抗生素抗性基因的转移中，接合质粒起到了重要的作用，但奶牛场中携带抗生素抗性基因质粒的多样性和传播研究很少。

技术路线

• 样品来自捷克一个奶牛场的牛粪及其周围土壤；

• 采用双亲配体法筛选具有氯四环素抗性的可移动质粒；

• PCR扩增质粒转移和复制相关的基因确定质粒的Inc groups；

• PCR扩增tet基因确定质粒是否携带tet基因；

• 454方法对代表质粒进行测序；

• 纸片法测定质粒的抗生素抗性；

• qPCR方式测定质粒和tetY基因在样品中的丰度。

研究结果

1、样品中主要的氯四环素抗性质粒是一种携带tetY的LowGC质粒。

2、代表质粒具有典型的LowGC质粒保守骨架，但是在骨架中插入了tetY-tetR和strA-strB基因片段。

3、虽然Acinetobacter被认为是LowGC质粒的自然宿主，但是在样品中筛选得到的3株Acinetobacter均并不携带LowGC质粒。

4、Acinetobacter中虽然不携带LowGC质粒，但是其中具有与LowGC质粒中一致的tetY-tetR片段，说明tetY传播的过程中存在基因交换。

5、LowGC质粒和tetY基因的丰度存在相关性，说明tetY基因的传播与LowGC质粒有关。

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